В 2029 году, где человеческое тело стало модифицируемым контейнером, а кибермозг объединяет людей с сетью, майор Мотоко Кусанаги из Секции 9 охотится на легендарного хакера Кукловода. Рождённая из синтетических тканей, она чувствует себя чужой даже в собственной плоти, а её работа лишь усиливает экзистенциальный кризис. Преследуя преступника, который, возможно, является самообучающейся программой, Мотоко сталкивается с вызовом, переписывающим законы бытия. В мрачном неоне Токио, где память можно подделать, а душа — зашифровать, она должна решить: является ли её «призрак» настоящим или лишь сложной иллюзией, созданной для обслуживания системы. Погружаясь в бездну цифрового океана, майор находит не врага, а отражение собственной тоски, ведущей к перерождению за пределы плоти и кода.