В XXVI веке смертоносный вирус уничтожил почти все человечество, расколов выживших на два непримиримых лагеря: дикую анархическую Монику, где царит хаос и право сильного, и тоталитарный Брен, где личность подавлена железной дисциплиной. Между ними — опустошенная ничейная земля, хранящая память о погибшей цивилизации. Сюжет разворачивается вокруг элитного агента Брена, Эон Флакс, которая отправляется в опасную миссию за пределы стен. Однако, столкнувшись с жестокостью обеих систем, она начинает сомневаться в правильности своего мира и ищет истинную сущность человека, разрываясь между двумя крайностями выживания.